주택을 양도할 때 양도소득세 비과세 혜택을 받으려면 한 세대가 1주택을 3년 이상 보유해야 한다. 그러나 세법에서는 실질과세 및 불가피한 경우에 대한 고려 등의 이유로 1주택을 초과하여 보유하거나 3년 미만 보유한 경우에도 예외적으로 비과세를 적용하는 경우가 있다.
우선 주거 이전을 위해 일시적으로 2주택이 된 경우는 비과세 된다. 1주택 소유자가 다른 주택을 취득하여 2주택이 된 경우 2주택 취득 일부터 1년 이내에 종전 주택을 양도하면 1주택으로 본다.
상속으로 인해 2주택이 되는 경우도 그렇다. 무주택 또는 상속 받은 주택과 다른 일반주택을 각각 하나씩 보유하고 있는 한 세대가 일반주택을 양도할 때는 상속주택이 있어도 1주택으로 간주한다. 단, 일반주택이 아닌 상속주택을 양도할 때는 양도소득세가 과세된다. 예외적으로 2002년 12월31일 이전에 상속 받은 주택을 올해 안에 양도하면 상속주택에 대한 양도세를 내지 않아도 된다.
직계존속의 동거 봉양을 위한 2주택의 경우도 이에 해당된다. 1주택을 보유한 세대가 1주택을 보유하는 60세(여자는 55세)이상의 직계존속(배우자 직계존속 포함)을 동거봉양하기 위하여 세대를 합칠 경우 합친 날로부터 2년 이내에 먼저 양도하는 주택을 1주택으로 본다.
혼인으로 인한 2주택의 경우에도 1주택을 보유한 자가 1주택을 보유하는 자와 혼인해 한 세대가 2주택을 보유하게 되는 경우에는 혼인한 날로부터 2년 이내에 먼저 양도하는 주택을 1주택으로 본다.
정책적 목적에 의해 양도세가 비과세 되는 예로는 농어촌주택과 지정문화재인 주택을 들 수 있다. 농어촌주택의 경우 상속, 이농, 귀농주택 등 소정 요건을 갖춘 주택으로 수도권 이외의 지역 중 읍 지역(도시계획구역 제외) 또는 면 지역에 있는 주택(농어촌 주택)과 일반주택을 국내에 1개씩 갖고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 본다.
지정문화재인 주택의 경우에는 지정문화재인 주택과 일반주택을 1개씩 소유한 자가 일반주택을 양도하는 경우 1주택으로 간주한다.
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